Navigation i skærgården adskiller sig kun lidt fra anden omhyggelig navigation. Men for en dansker har skærgårdsøerne det med at ligne hinanden, og man er tilbøjelig til at klamre sig til mærkerne, selv om de er ”remmare”, det vil sige ”afvisere”. Desuden vil grundberøring i løbene altid være på fjeld med alt, hvad deraf følger, mens grundstødning i en skærgårdshavn oftest vil være i mudder, ler eller sand, ganske som i Danmark.Søkorts pålidelighedKortets alder er afgørende for dets pålidelighed. Dels opdager man stadig nye grunde, dels ændres afmærkningen, - dette noget hyppigere i Sverige og Finland end i Norge. Men navnlig ved sejlads i Østersøen er kortets påtrykte alder afgørende for bedømmelsen af vanddybden, fordi landet stadig hæver sig. Denne ”landhøjning” er på højde med Stockholm 4 mm om året og 200 sømil nordligere dobbelt så meget. Så dybden over en grund, der ved kortudgivelsen (ikke sidste rettelse) i 1940 var 1,80 m vil i 1997 kun være 1,55 m i Stockholmsskærgården og kun 1,30 ved Hudiksval!Ved anløb af en lidt grund ankerplads må man også være opmærksom på vandstanden, som - bortset fra tidevandsforskel - også ændrer sig afhængig af vindretning og -styrke. Det er surt at gå på grund på vejen ind, men næsten værre at blive fanget uden at kunne komme ud igen
Afmærkede løb
Ud over de officielle, velafmærkede og evt. fyrbelyste løb findes i både Sverige og Finland flere ”private” (af sejlklubber afmærkede) løb, som det kan være nok så spændende at følge, dels fordi de ofte er snævre, naturskønne, måske byder på genveje og dels, fordi de giver afstand til erhvervstrafikken, som kan fylde ubehageligt meget mellem to skærgårds-øer.
Navigation og pladsbestemmelse
Afgørende ved skærgårdsnavigation er at vide, hvor man er. Ikke inden for en sømil, men inden for en snes meter. Notér - mentalt eller i kortet - hele tiden, hvilken ø, hvilket skær, hvilke båker, fyr eller løb, der ligger i forhold til båden. Al skærgårdssejlads foregår i virkeligheden i et utal af enslinier (over ét linier), som kan udtages af kortet. Skærgården ”bevæger sig”, efterhånden som båden glider frem mellem øerne: et skær glider ind foran en ø, et sund åbner sig, mens et andet lukkes for ens årvågne øjne. Hele tiden kan man plotte i kortet præcis, hvor man befinder sig. Hele tiden kan man finde ”ting” i naturen, der kan lede uden om sten og grunde: to skær over ét, en sten holdt en tredjedel ind i et sund eller en flagstang til en husgavl.
Afmærkningen er som i Danmark efter IALA-systemet med side- og kardinalafmærkning. I Finland suppleres denne afmærkning med store båker, der giver veldefinerede enslinier. Fordi identifikation af det, man passerer, er så væsentlig, er det nødvendigt at gøre sig fortrolig med søkort og farvandsbeskrivelse før gennemsejlingen. Det er ofte en lettelse at være to til at navigere: én til at observere og rapportere og én til at kontrollere med oplysninger i kort og beskrivelser og til at sætte pladsen ud med små intervaller. Kursændringer gennemføres efter skøn over vinkelafvigelsen og med kontrol over kompasset af den nye kurs. Man bør hele tiden være 5 minutter foran i sejladsen, og kommer man i tvivl om sin position - og det gør man trods al omhu på et eller andet tidspunkt - så læg bi, indtil bådens position er fastlagt med sikkerhed. Man kan være kommet til at vælge et ”galt løb” og vil så meget let miste orienteringen. Sejl eventuelt tilbage til sidste kendte position og begynd forfra med stadigt check af identificerbare punkter.
Det er ikke nogen god idé blindt at følge en anden båd. Den kan have mindre dybgang end ens egen, og hvem siger, at den anden skal samme vej som en selv? Men kan man aftale fælles sejlads med en lokal sejler, kan det give nogle berigende oplevelser med mulighed for at komme, hvor de færreste danskere vover sig ind.
Natsejlads
Natsejlads i skærgården i fyrbelyste løb stiller i sig selv ikke nødvendigvis større krav end sejlads om dagen. Ofte er pladsbestemmelsen enklere; men man skal huske, at man ikke er alene. Løbene er netop fyrbelyst af hensyn til erhvervstrafikken, og det er ikke over alt i skærgården lige let at gå af vejen, og slet ikke i augustmørke. Derfor skal man være helt fortrolig med fyrsejlads hjemmefra, før man begiver sig ud i skærgården om natten, og endnu mere end om dagen er det nyttigt at være to, der bruger øjnene. Man skal også huske, at har man ikke lokalkendskab og stor erfaring, er det oftest umuligt at finde ind til en beskyttet ankerplads, når mørket falder på. Natsejlads er derfor især aktuel ved gennemsejling, på vej ud af skærgården eller på vej til en havn, man vil besøge.
Ankring
I skærgården kan man ankre for svaj ganske som i en dansk fjord, dersom pladsen tillader det. Eventuelt kan man reducere svajekredsen med et ekstra anker eller med en ende i land, som gøres fast til et træ, en stor sten eller en bjergkile (en solid galvaniseret pløk), som drives ned i en spalte i fjeldet med en mukkert. Bjergkilerne findes i forskellige udformninger og kan købes i større danske bådudstyrsforretninger for 20-30 kr. stykket. Nogle steder er der fortøjningsringe i land. Man kan også mange steder i stedet lægge ankeret agter og med forsigtighed gå ind med stævnen til skæret og fortøje, så man kan gå direkte i land; men fortøjningerne skal være lange, gerne en snes meter. Man må også sikre sig, at forbipasserende erhvervstrafik eller hurtiggående motorbåde ikke kan sætte sø, så stævnen banker ned i fjeldet. Endelig kan man nogle steder fortøje langs skæret, godt affendret, ganske som var det en kaj.
Grundstødning
Skulle man være så uheldig at løbe på grund, adskiller forholdsreglerne sig ikke principielt fra dem, man træffer herhjemme. Grunden er oftest hårdere, men risikoen for grov sø er mindre, og dermed også risikoen for totalhavari.